Enkodery optyczne charakteryzują się najwyższą dokładnością pomiaru i całkowitą odpornością na wpływy pól elektromagnetycznych. Sprawia to, że doskonale realizują zadania pomiarowe w środowisku napędowym, zwłaszcza w obecności falowników. Ze względu na wysoką rozdzielczość pomiarową znajdują szerokie zastosowanie w aplikacjach wymagających dużej dokładności, powtarzalności pomiaru i znacznej szybkości transmisji danych. Nie są one odporne na wstrząsy, wibracje i zabrudzenia.

Rozdzielczość enkoderów absolutnych najczęściej nie przekracza 12 bitów, czyli 4096 imp/obrót przy średnicy tarczy kodowej ca 60 mm i jest o 3–4 bity mniejsza od rozdzielczości enkoderów inkrementalnych o zbliżonych wymiarach.

Enkodery magnetyczne są odporne na trudne warunki pracy i wpływy środowiskowe, np. pyły, wilgoć, wstrząsy i wibracje. Zapewniają one znaczną rozdzielczość pomiaru i jego powtarzalność. Dopuszczalna odległość między czujnikiem a tarczą w enkoderach magnetycznych jest większa niż w enkoderach optycznych. Można więc całkowicie oddzielić część mechaniczną enkodera od elektronicznej. Enkodery magnetyczne nie muszą mieć bezpośredniego kontaktu czujnika z wirującym wałem silnika czy innego mechanizmu. Charakteryzuje je duża trwałość. Wadą enkoderów magnetycznych jest niekiedy niewystarczająca rozdzielczość i dokładność pomiaru oraz mniejsza szybkość transmisji danych. Mają one parametry pomiarowe gorsze od enkoderów optycznych.

Enkoderów magnetycznych nie należy stosować w systemach napędowych, w których zainstalowano falowniki, są one bowiem bardzo wrażliwe na oddziaływanie pól elektromagnetycznych.